Krościenko leży przy starym szlaku handlowym z Sącza do kotliny nowotarskiej. Prawdopodobnie już na przełomie XII i XIII w. istniała tu osada służebna Zamku Pienińskiego. W 1348 roku Kazimierz Wielki który lokował na prawie magdeburskim miasto noszące przez pierwsze lata nazwę „Crosno” wypowiedział przy tym znamienite słowa: „To wspaniałe dzieło, które dokonać postanowiliśmy na pożytek Naszego Królestwa, powinno być wiekuiście trwale i silne, co My Kazimierz z Bożej laski Król Polski niniejszym oznajmujemy powszechności obecnej i przyszłej.” I nic pomylił się król Kazimierz, mimo zawieruch dziejowych miasto Krościenko przetrwało 651 lal. Nic zachował się niestety akt lokacyjny Crosna nad Chrostnicą , który spłonął podczas najazdu husytów. Póżniej miejscowość zaczęto nazywać Krścienkiem. Z okresu lokacji pochodzi dzisiejszy układ ulic i rynek w centrum miasteczka. Akt lokacyjny przyznawał mieszczanom wolniznę od podatków na 20 lat, zezwalał na łowienie ryb w rzekach w obrębie miasta, wycinanie drzew na własne potrzeby i polowanie na zwierzynę w lasach królewskich. Jednakże od XVI wieku przywileje te były ograniczone przez kolejnych królów i starostów czorsztyńskich, zaś powinności wzrastały.
Od początku swego powstania Krościenko stało się ważnym ośrodkiem, przez które przebiegał słynny trakt Via Regia, którym z północy na południe przemierzały orszaki królewskie i karawany kupców. Tędy też w pogoni za świętą Kingą, podążały tatarskie czambuły. Święta Kinga, założycielka zakonu klarysek w niedalekim Starym Sączu, schroniła się na zamku pienińskim. Z wydarzeniem tym związanych jest wiele ciekawych legend.
Na pamiątkę zaś owej bytności księżnej krakowskiej w Pieninach, obwołano Kunegundę patronką Pienin i Krościenka. Według Długosza i Staropolskiego w pobliżu Krościenka miały się znajdować pokłady złota, ściągające tu licznych poszukiwacz.
Od 1565 r. przy tutejszej parafii funkcjonowała szkoła. Zdolniejsi i zasobniejsi uczniowie kontynuowali naukę w kolegium pijarskim w pobliskim Podolińcu. Przełom XVII i XVIII w. to okres zastoju i upadku miasteczka. Krościenko podzieliło los wielu innych polskich miast, przeżywając okres wojen, oraz towarzyszących im pożarom i zarazom. Zwłaszcza zaraza z II połowy XVII wieku miała dla miasta fatalny skutek doszło wówczas do niemal całkowitego wyludnienia Krościenka. Miasto ucierpiało też w czasie walk z Kozakami. Gospodarkę mieszczan rujnowały częste przemarsze wojsk i epidemie dżumy. Handlu krościeńskiego nie uratowały nowe przywileje otrzymane od króla Augusta III. Do funkcjonujących już od XVI w. jarmarków w Zielone Świątki i na Wszystkich Świętych, dodano wówczas jarmarki na św. Annę i na św. Michała.